Один нюансик всё-же есть: FAT имеет ограничение на размер файла. 4Гига одним куском - не больше. NTFS позволяет писать большие файлы. Кому это нужно? Ну, например, мультимедийщики могут испытывать неудобства при записи фильмов на диск. Я напоролся на него при попытке сбросить на диск образы DVD-аудио дисков для переноски. Теперь специально для этого держу один 160-гиговый диск в NTFS.