Пока таких проблем не встречал, и надеюсь не встречу уже.
16-битный ВАВ дает поток 1411Мбит/с. А даже древний USB 1.0 согласно спецификации имеет пропускную способность выше:
Контроллер USB1.0 уже большая редкость, как минимум применяются версии 1.1.
Сколько сталкивался, проблемы с низкой скоростью имеют паршивые дешевые флешки, а не сам порт.