Падения напряжения на переходе у высоковольтных Шотки такое-же как и у кремния 0.6-0.7 Вольта. Т.е. при стандартном напряжении зарядки 14.2-13.8 В с генератора, на АКБ 2 получим 13.1-13.5 Вольт. Т.е. заряжаться от генератора второй аккум не будет. При такой схеме наверное есть смысл поставить второй, ещё один, диод на АКБ 1 и поднять напрядение зарядки с генератора до 14.5-14.9 В. Но всё электрооборудование автомобиля придётся перекомутировать на питание после этого диода. Если использовать Шотки с падением 0.2-0.4 вольта, то параметры у них примерно такие U=15-30 В, I=15-30A.Но всё равно проблема недозаряда АКБ , при стандартных напряжениях с генератора, остаётся, даже при таких падениях. И токи эти маленькие для питания автомобиля. Но это всё теория - анализ твоей схемы. На практике , наверное, лучше на каждый аккум свой генератор. Или подбор идентичных аккумов из партии по параметрам:идентичность тока заряда, тока разряда, идентичность просадки напряжения на одинаковых токах разряда. Или ещё лучше, "интелектуальная" схема зарядки АКБ 2 вместо диода. Скорее всего, это высокотоковый повышающий преобразователь напряжения со стабилизацией( наверное импульсный). Цена, скорее всего, получится на уровне цены Хорошего мощного усилителя. Наверное вот так.