Думается, что перегревается не сам винт, а встроенный в карман контроллер. Ноутбучные винты температуру держат очень хорошо, в некоторых ноутах условия труда для них, скажем так, "не курортные" - и ничего, часами работают.
Впрочем, если уж совсем в печку засунуть, перегреть можно что угодно. Действительно, непосредственно в потоке горячего воздуха лучше не только винт, а любую электронику не размещать. Остальные Ваши негаразды скорее всего из-за не очень удачного кармана.