Флак - это вав, упакованный архиватором.  Как и апе.
Оба алгоритма делают сжатие 
без потерь, и вав распакованный из флака(апе) 
бит в бит совпадает с исходным вавом, то есть 
ничем от него не отличается.
Компы и некоторые плееры умеют воспроизводить вав-звук непосредственно из упакованных файлов, распаковывая "на лету". Для остальных плееров флак (или апе-шку) нужно предварительно распаковать, "достав" сидящий в нем вав. 
Просто нет смысла выкладывать в инете вав, т.к. упакованный в лосслесс он намного компактнее, а качество не теряется. Из заботы о пользователях  на торрент выкладывают вавки, упакованные без потерь. Экономия трафика весьма приличная.
P.S. Вы ведь и документы в Вордовском .DOC перед тем как отправить на почту другу упаковываете то ли ZIP'ом, то ли RAR'ом? А на другом конце .DOC распаковывается в оригинал, неотличимый от того что было до упаковки. Потому что и zip, и rar - лослесс-архиваторы, пакуют без потерь. Флак и апе используют тот же принцип, это просто архиваторы.