wav и flac нельзя передать по аналогу - это цифровые форматы.
Оптика оптике рознь (как оказывается, есть тут темка - поищите), кроме того немаловажно куда Вы этот CD по ней перегоняете?
Вдумайтесь, ну перегнали Вы его по оптике во внешний проц... А если там ЦАП типа того что в 701-м Альпе стоит (PCM1608Y с динамическим диапазоном 100дБ и THD+N=0.003%, что соответствует реальному разрешению выходного сигнала чуть более 14 бит) - что Вы выигрывае-то? Вы еще по дороге до ЦАПа в оптических приёмниках и передатчиках джиттер наловите...
В то время как, например, в JVC KD-AVX33 встроенные ЦАПы имеют динамический диапазон 108дБ и THD+N на уровне -94дБ (то есть разрешение вых.сигнала более 15 бит), да "сидят" ЦАПы рядышком с процом, без преобразований в оптику. А значит, и джиттера как такового в линии передачи цифрового сигнала можно считать нет.
И чем Ваш "CD по оптике" в таком случае лучше, поясните?