Разницы не будет если мп3 запишете на диск, всё равно с чего будет проигрываться формат если он изначально хуже чем оригинальный аудио СД.
Сейчас есть уже достаточно много аппаратов умеющих читать WAV формат с флешки, качество не хуже чем Аудио СД, в первую очерез пионеры последние, а так же кенвуд КИВ-700, других не припомню пока, может ещё что-то...